No livro, Dona Benta resolve ensinar física, geografia e astronomia para Pedrinho, Narizinho e Emília. Eles tinham aprendido um pouco de geologia e queriam mais, estavam ansiosos por saber tudo quanto há no mundo . Ao longo da narrativa, Dona Benta fala de assuntos ligados à ciência de maneira simples, direta e dinâmica. Usa acontecimentos do cotidiano, experiências e curiosidades como ponto de partida para as aulas. Uma lufada de vento que entra pela janela da sala, por exemplo, se torna o gancho perfeito para uma conversa sobre o ar. Monteiro Lobato cria metáforas engraçadas, usa diálogos para desenvolver o conteúdo científico e valoriza a participação das crianças na construção do conhecimento. As observações e questionamentos dos garotos - junto com as maluquices de Emília - deixam as aulas de Dona Benta ainda mais dinâmicas e divertidas. Além disso, os 22 capítulos do livro são encadeados de maneira a facilitar o aprendizado e, muitas vezes, o mesmo assunto é divido em mais de um capítulo para não cansar o leitor.